本书在结构上分为序章、第一章、第二章、第三章、终章五个部分。序章主要讲述作者研究小樽运河的契机；第一章主要讲述小樽运河的背景“小樽市”的历史概要；第二章主要从“小樽运河的填埋”“小樽运河的成因”等方面详细讲述小樽运河的诞生史；第三章主要考察小樽运河的整个保护史；终章为上述内容的总结以及对后续研究的展望。