除前言和结语外，本书共分为五章。第一章生态环境污染刑事司法治理的政策阐释，包括界定环境刑事司法政策的概念特征、概括当前的环境刑事司法政策导向、对从严惩治的环境刑事司法政策导向从党的政策、法律文本、司法立场、理论观点、域外比较等方面进行解读。
第二章生态环境污染刑事司法治理的规范分析，包括对违反国家规定、排放倾倒处置、污染物、严重污染环境进行教义分析和司法认定。一方面结合生态环境刑事立法和司法解释，对污染环境罪的客观构成要件要素进行教义分析；另一方面围绕污染环境罪构成要素的司法认定重点展开。违反国家规定的司法认定应坚持两点：刑法第96条限定了刑法中违反国家规定的特别含义，第338条限定了污染环境罪中违反国家规定的特殊含义，只能是违反有关污染物排放、倾倒或者处置的国家规定。对处置的司法认定，坚持实质判断标准，要考虑前置的环境保护行政法律法规、处置行为的特定空间、处置行为的危害性等。污染物的本质是污染性，或者具有污染其他物体的本质；排放倾倒处置的物体是有放射性的废物含传染病病原体的废物有毒物质有害物质中的何种污染物需要证明；危险废物的鉴别应遵循特定程序和规则，危险废物混合后判定规则和危险废物利用处置后判定根据是否具有危险特性判定是否为危险废物。10种列明的严重污染环境情形均具有特定的适用条件，需要具体界定；其他严重污染环境情形的适用，不能泛化，应当慎重。
第三章生态环境污染刑事司法治理的实践检视，包括污染环境犯罪的立案、侦查、起诉、审判情况，总结污染环境犯罪刑事司法的成功经验，指出污染环境犯罪刑事司法中存在的问题。污染环境罪司法适用呈现出污染环境犯罪案件数量开始下降、污染环境犯罪呈地域性分布、自然人犯罪主体多、犯罪手段集中、量刑偏轻等特点。生态环境污染刑事司法治理的经验主要有：治理理念的更新、治理目的的预防、治理思维一体化、治理机构专门化、治理规则完备化等。生态环境污染刑事司法治理实践中存在保护法益、主观罪过、行为类型等定罪争议问题，以及自由刑失衡、类案不同判等刑罚适用问题。
第四章生态环境污染刑事司法治理的理论供给，包括保护法益的一元的环境法益论、行为类型的环境犯罪风险犯论、罪过形式的故意说等。污染环境罪保护的法益应回归一元，环境法益不仅是独立的法益类型，而且是包括人在内的各环境要素法益和环境管理秩序法益的综合体。环境犯罪类型经历了由结果犯到危险犯再到行为犯的演进过程；在风险社会下，刑法要在比危险更为遥远的行为阶段介入规制环境风险，形成环境风险犯；以法益保护和风险创设为标准设立环境风险犯，并以风险创设方式不同为标准，将环境风险犯分为行为犯、累积犯和预备犯；污染环境罪是典型的累积犯。污染环境罪的主观罪过应为故意；建议用两款分别规定故意污染环境犯罪和过失污染环境犯罪，并配置相应的法定刑。
第五章生态环境污染刑事司法治理的对策完善，提出生态环境污染刑事司法的常规治理、修复治理的完善对策，主要包括污染环境犯罪刑罚适用之规范化，污染环境罪指导性案例、参考案例的创设与运用，修复性环境刑事司法政策之提倡等。关于污染环境犯罪刑罚适用之规范化，涉及细化自由刑幅度、明确罚金标准、扩大刑罚辅助措施适用和创建量刑系统等。在选择适用不同的量刑档次的基础上，根据排污的对象、手段、次数、数量、超标倍数、人员伤亡、财产损失等指标，进而分不同情形具体确定相应起点刑，细化自由刑幅度，进一步限缩量刑差距，以实现污染环境罪自由刑的适用均衡。
二、本书出版价值
本书的关键词则是个罪或者制度或者制度适用，主要从政策、规范和实践三个层面对我国污染环境罪司法适用的政策演变、要件认定和经验问题展开深入探讨。本书坚持人与自然和谐共生，以生态文明建设、美丽中国建设为研究背景，以刑事司法为研究视角，以污染环境罪为研究对象，采取规范分析、案例分析、价值分析、比较分析等研究方法，围绕生态环境污染的刑事司法治理从政策、规范、实践、完善等四个层面展开研究，主要包括阐释生态环境污染犯罪的既有刑事司法政策、分析生态环境污染犯罪的现有立法和司法解释规范、检视生态环境污染犯罪的司法适用现状、针对生态环境污染犯罪刑事司法中存在的问题提出完善生态环境污染犯罪刑事司法治理的相应对策，以探讨如何更好发挥刑事司法在生态环境保护中的作用以及如何借助刑事司法对污染环境犯罪进行有效治理的问题。