结构生物信息学是生物信息学的重要分支，聚焦于生物大分子的三维结构、动态特性及其功能关系。本书系统介绍了结构生物信息学的基础理论与前沿技术，涵盖了蛋白质结构预测、功能位点分析、生物分子相互作用模拟、蛋白质动态模拟、粗粒度方法应用、酶催化机理、高性能计算及人工智能在药物设计中的实践案例。结合AlphaFold等突破性成果与2024年诺贝尔奖背景，深入探讨了蛋白质序列-结构-功能关系的解析难点。通过整合分子动力学模拟、粗粒度建模等计算方法与实验数据，为读者提供了从基础理论到前沿应用的全景视角。书中还融入了编者及国内外团队的最新成果，展示了高性能计算与人工智能协同解决复杂生物问题的研究范式。