本书围绕地球上已知微生物种类、数量等，按不同宿主、不同生境下微生物分类展开介绍，同时也从微生物与人的关系、发现评估微生物的技术发展以及微生物的变异中体现不断变化的、多彩的微生物世界。主要内容包括：第一部分：地球上微生物知多少第二部分：微生物和人类第三部分：发现和评估微生物的技术及进步第四部分：我国存在多少种微生物野生动物微生物虫媒微生物食品动物微生物宠物微生物食品微生物第五部分：极端环境微生物青藏高原微生物冰川微生物极地微生物海洋微生物第六部分：微生物的变异

本书由中国工程院院士、医学微生物学专家徐建国院士领衔编写。本书从三个层次（地球上的微生物、我国存在的微生物、不同宿主不同生境中的微生物）由面到点，不断深入具体；从三个维度（微生物与人、发现评估微生物的技术以及微生物的变异）体现不断变化的、多彩的微生物世界。不仅是对医学相关领域爱好者的科普，也为相关专业人士对微生物的认识打开新视野。

长期以来，人类应对新发传染病威胁的策略始终处于被动状态。究其根源，核心症结在于微生物是人类肉眼看不见的引发传染病的病原微生物，人类无法用肉眼直接观测到。传统应对模式遵循事件驱动路径：当传染病疫情暴发后，研究者需先假设是由某种病原微生物引起的，通过培养、分离等验证流程，并遵循科赫法则，确认病原微生物，继而展开诊断、治疗和防控研究。这种应对模式存在明显滞后性，其本质是马后炮式的被动反应，根源在于很长一段时间人类缺乏发现新病毒、新细菌的能力。在技术受限时期，病原微生物的鉴定高度依赖体外培养技术。当遇到无法培养的微生物时，研究进程便停滞。值得庆幸的是，核酸测序技术的革命性突破彻底改变了这一局面。新一代测序技术使研究者无须依赖传统培养手段，即可直接获取病毒或细菌的全基因组信息。对基因组数据的解析不仅突破了科赫法则的限制，更推动了病原学诊断进入基因组时代新型冠状病毒感染疫情的病原学诊断范例，标志着病原微生物研究进入主动认知的新纪元。地球上存在巨量微生物，绝大多数是未知的。这些微生物有多少？在哪里？以什么方式存在和运动？我们如何才能够与微生物和谐相处，并科学应对它们的挑战？造成这些挑战的核心问题为微生物是人类肉眼看不到的。所以，本书的目的是和大家一起研讨地球上有多少微生物，以及它们在哪里。变化的微生物有两个含义。一是微生物世界本身在变化。随着环境的改变，能在变化的环境中生长繁殖的微生物的种类和数量会发生巨大变化。可是，我们肉眼看不到这种变化。二是我们大脑中关于微生物的认知在发生重大变化。关于微生物的新知识，在快速、巨幅增长。过去我们坚持的真理，也许今天看来根本就是错误的。这些都会严重影响我们的判断和行为。开展未知微生物调查，是人类健康生存所必需的，是主动防控未来新发传染病所必需的。本书是承担中国工程院重大战略咨询项目（人类传染病第三次重大转变发展趋势预测及应对策略研究）的专家们，通过学习、交流、思考，形成的关于人类生活环境中微生物的初步认知，发表出来，和大家共享。人们处于对肉眼看不见的巨量微生物的不断认识的过程中，难免会呈现出很多不正确或者不准确的地方，希望得到大家的帮助和指正。本书书名由杨永法先生题字，特致谢。

徐建国，医学微生物学家，中国工程院院士，传染病预防控制国家重点实验室主任。从事新发传染病研究43年，主持完成九起有较大影响的不明原因暴发疫情的病原学调查，包括1999年苏皖大肠杆菌O157:H7、 2005年流脑4821序列群、2005年猪链球菌序列7型、2006年人粒细胞无形体病等， 为疫情处置明确了方向，也在JAMA（2008）、Lancet（2006，2013）、Nature(2003,2016,合作)等杂志发表SCI论文300篇。 2018年提出反向病原学理论和主动防疫思想，发现和命名了100种新细菌、20种新病毒。 2020年初，任卫健委检测结果初步评估专家组组长，建议把病原体确定为新型冠状病毒。 牵头一篇参与6篇新冠防控咨询建议，被中办国办采用。2022年主持联合国生物武器滥用实验室核查能力测试X传染病项目。

第一章新发传染病的物种交集学说一、变化的微生物二、从导致疫情发生的偶然因素和结局的角度对传染病进行分类参考文献第二章微生物王国一、病毒是地球上数量*多的生命物质二、细菌的世界：地球细胞生物的主宰三、真核微生物的多样性四、古菌的多样性五、生命暗物质生命树(tree of life)的完善和微生物暗物质的发现本章结语参考文献第三章微生物和人的关系一、微生物和生命起源二、人类与病原微生物的长期博弈：历史上的生存之战三、人体微生物四、人类活动与病原微生物的跨物种传播参考文献第四章对微生物王国的认知取决于技术一、形态学时代：微观世界的启蒙二、微生物分离的时代：多样性的解锁三、微生物组学：微生物群落的全貌四、挖掘微生物世界：从病毒到微生物组学五、人工智能：微生物学的新视野参考文献第五章食品动物携带的病原微生物和未知微生物一、家畜携带的微生物二、家禽携带的携带的微生物三、野生动物携带的微生物四、食品动物携带的微生物参考文献第六章野生动物携带的病原微生物和未知微生物一、野生动物：自然界中庞大的病原微生物储存库二、野生动物携带的微生物：已发现的只是冰山一角三、野生动物中发现的新型微生物：认识远远不足四、野生动物与病原微生物五、野生动物源性病原微生物的跨种传播链条六、病原微生物为何从野生动物传播到人？七、保护野生动物就是保护我们自己参考文献第七章宠物携带的病原微生物和未知微生物一、人间大瘟疫黑死病的暴发二、犬瘟热病毒引发的犬界瘟疫三、猫瘟病毒引发的猫界瘟疫四、上呼吸道的双重夹击：猫疮疹病毒与猫杯状病毒五、幼犬大致病威胁：犬细小病毒六、宠物中的冠状病毒七、致使恐惧的传播：狂犬病毒八、宠物口中的微生物：你不知道的其他威胁九、猫抓病揭秘：巴尔通体十、宠物体内潜伏的寄生虫：弓形虫与利什曼原虫十一小猫皮肤的微妙挑战：通过爱猫传染猫癣十二、异宠与人类共生：仓鼠、鹦鹉、蛇、蜥蜴等异宠带来的健康挑战十三宠物携带的未知微生物参考文献第八章吸血昆虫携带的病原微生物和未知微生物一、吸血昆虫主要种类及可能携带的病原微生物和未知微生物二、蚊虫携带病原微生物的多样性及其传播风险三、蜱类携带病原微生物的多样性及其传播风险四、蚤类携带病原微生物的多样性及其传播风险五、吸血蠓携带病原微生物的多样性及其传播风险六、其他吸血昆虫携带的病原微生物参考文献第九章青藏高原野生动物未知微生物和病原微生物一、全球第三次鼠疫大流行可能来源于青藏高原喜马拉雅旱獭二、喜马拉雅山脉形成的假说三、青藏高原野生动物携带的微生物大多是未知的四、青藏高原重要的野生动物五、青藏高原野生动物未知微生物评估参考文献第十章海洋存在巨量未知微生物和病原微生物一、海洋存在特殊的微生物二、海洋微生物的潜在风险三、海洋生物携带的病原微生物参考文献第十一章冰川未知微生物和病原微生物一、全球冰川分布及变化二、中国冰川的分布、类型及变化三、冰川微生物分布四、冰川微生物释放的潜在风险五、人类活动与冰川微生物释放的潜在风险参考文献第十二章极地未知微生物和病原微生物一、极地生态环境与生物圈二、极地微生物探索三、极地病原微生物探索：极地环境可能是病原微生物的天然冰箱四、人类活动与极地传染病风险参考文献第十三章微生物变异和传染病流行一、微生物的变异二、微生物变异对传染病流行的影响参考文献第十四章环境微生物一、空气中的微生物二、水体中的微生物参考文献