书中依据条文内容分节，每节标题标明本节之主要大意，在总结方面突出个人学术研究成果（比如结胸是太阳病或太少并病误治所致，标明其内在关系），不抄袭其他注家，不做汇总性质的集注。每条条文均有标题，以提示该条之意义。朱壶山先生的《伤寒论通注》与陈慎吾先生的《陈慎吾伤寒论讲义》也采用此种方式，但本书内容多有不同。条文大致分[释义] [条间含义] [发挥]各项，间或有少量其他项目。内容绝大部分为个人解释，只有少量引用他人注解，只为阐发条文深意，条间含义揭示上下条之间的关系，这是本书的最大特色。每条尽量发掘其蕴含的意义，都是作者结合临床和科研的真实感悟，因此，书名《伤寒论奥义》。
本书特点之一：
《伤寒论》的撰写方式非常严谨，条文排列次序有重要意义，打乱次序进行注解会丢失大量隐藏内容，从而不能对条文进行深入理解，这是错简重订容易犯的错误。所以，本次注解按原文顺序，以利学习，但是，对于其中难于理解的条文，不强作注解，不随文敷衍。
本书特点之二：
充分利用仲景特殊的写作方式来进行对条文的研判，从而生发出对条文更深层面的理解。这种突破，作者认为是比较有新意的，或能将《伤寒论》的学习与研究引向深入。
自序
《伤寒论》读法
凡例
《伤寒论》原序
辨太阳病脉证并治上
第一节太阳病总论
第一条太阳病正名
第二条中风正名
第三条伤寒正名
第四条伤寒归属太阳之脉
第五条伤寒归属太阳之症
第六条太阳病禁忌
第七条始欲解之日
第八条太阳病欲解之日
第九条太阳病欲解之时
第十条太阳病阳复正常
第十一条太阳病传变
第二节桂枝汤及灵活应用法
第十二条太阳中风主脉
第十三条太阳中风主症
第十四条太阳中风项强
第十五条气不上冲者不可与桂枝汤一
第十六条前坏病不可与桂枝汤二
第十六条后麻黄汤证不可与桂枝汤三
第十七条酒客病不可与桂枝汤四
第十八条喘家不可与桂枝汤五
第十九条脓血者不可与桂枝汤六
第二十条汗后表虚救治
第二十一条下后里虚救治
第二十二条下后表里皆虚救治
第二十三条反有热色
第二十四条反烦不解
第二十五条服桂枝汤未入里
第二十六条服桂枝汤转入里
第二十七条无阳而不可发汗
第二十八条无汗而小便不利
第二十九条自汗出而小便数
第三十条补遗
辨太阳病脉证并治中
第一节麻黄类方用法
第三十一条葛根证表闭
第三十二条葛根证里开
第三十三条葛根证里寒
第三十四条葛根证里热
第三十五条麻黄证表实
第三十六条太阳欲转阳明
第三十七条太阳已转少阳
第三十八条表寒里热
第三十九条表有寒湿
第四十条心下有水气之征
第四十一条心下水气去之征
第二节表证转归
第四十二条外证未解之脉
第四十三条外证未解之症
第四十四条未汗下之前可解表之证
第四十五条已汗下之后可解表之脉
第四十六条服麻黄汤后阳重之衄
第四十七条未服麻黄汤阳重自衄
第四十八条发汗不彻仍用麻黄汤
第四十九条表证尺脉微须待自汗出
第五十条表证尺脉迟不可正发汗
第五十一条阳气不重所见发汗之脉
第五十二条阳气已重所见发汗之脉
第五十三条自汗出不发热用桂枝汤
第五十四条自汗出而发热用桂枝汤
第五十五条衄在表用麻黄汤
第五十六条衄在表用桂枝汤
第五十七条复烦可更发汗
第三节汗吐下后救治
第五十八条阴阳两伤自愈之机
第五十九条汗下后阴液不足于里
第六十条汗下后阳气不足于表
第六十一条阴阳两伤救治之法
第六十二条发汗后表虚
第六十三条发汗后里实
第六十四条发汗后心下悸
第六十五条发汗后脐下悸
第六十六条发汗后腹胀满
第六十七条吐下后心下满
第六十八条发汗后病不解而表阳虚
第六十九条发汗后病不解而里阳虚
第七十条发汗后泻火和胃气
第七十一条发汗后饮水和胃气
第七十二条发汗后利水和胃气
第七十三条饮水多而渴
第七十四条饮水多而吐
第七十五条饮水多而喘
第七十六条前发汗后胃阳伤而吐下不止
第七十六条后发汗后胃余热而心中懊
第七十七条胸中窒者
第七十八条心中结痛者
第七十九条下后心烦偏实
第八十条下后微烦兼虚
第八十一条栀子汤禁忌
第八十二条水家阳虚不可发汗
第八十三条咽燥内热不可发汗
第八十四条淋家内热不可发汗
第八十五条疮家内热不可发汗
第八十六条衄家津亏不可发汗
第八十七条亡血家阳虚不可发汗
第八十八条汗家阳虚不可发汗
第八十九条中寒家阳虚不可发汗
第四节表里先后辨
第九十条表实里实治疗原则
第九十一条表实里虚治疗原则
第九十二条未误下里虚
第九十三条冒家汗出而愈
第九十四条振慄汗出而解
第九十五条发热汗出表虚
第五节柴胡证及转归
第九十六条太阳转柴胡证
第九十七条柴胡证转阳明
第九十八条柴胡证转太阴
第九十九条胁下满用小柴胡汤
第一百条里虚先用小建中汤
第一百零一条里不虚直用小柴胡汤
第一百零二条未过经而转虚
第一百零三条已过经而转实
第一百零四条过经之时欲转阳明
第一百零五条过经之时已转阳明
第一百零六条转如狂
第一百零七条转烦惊
第一百零八条入里不解
第一百零九条出表欲解
第一百一十条火法欲解
第一百一十一条火法可治
第一百一十二条火劫而惊狂
第一百一十三条被火而谵语
第一百一十四条熏之而必躁
第一百一十五条灸之而吐血
第一百一十六条灸之而烦逆
第一百一十七条烧针而奔豚
第一百一十八条烧针而烦躁
第一百一十九条温针而必惊
第一百二十条太阳病吐后伤胃一
第一百二十一条太阳病吐后伤胃二
第一百二十二条太阳病发汗后转吐
第一百二十三条太阳病吐下后转吐
第一百二十四条其人发狂少腹硬
第一百二十五条其人如狂少腹硬
第一百二十六条少腹满而小便反利
第一百二十七条少腹里急而小便少
辨太阳病脉证并治下
第一节结胸总论
第一百二十八条结胸正名
第一百二十九条藏结正名
第一百三十条藏结禁忌
第一百三十一条结胸及痞证成因
第一百三十二条结胸脉浮大死
第一百三十三条结胸烦躁者死
第二节太阳病阶段转结胸
第一百三十四条太阳误下转成结胸
第一百三十五条太阳不误下转成结胸
第一百三十六条伤寒未汗下转结胸
第一百三十七条伤寒汗下后转结胸
第一百三十八条小结胸
第一百三十九条太阳病下后利止转结胸
第一百四十条太阳病下后脉浮转结胸
第一百四十一条前太阳表证误用冰伏法
第一百四十一条后寒实结胸
第三节太阳少阳并病阶段转结胸
第一百四十二条太少并病欲转结胸
第一百四十三条太阳之邪入里转如结胸状
第一百四十四条太阳之邪入里转使如疟状
第一百四十五条太阳之邪入里转如见鬼状
第一百四十六条太阳病六七日初转少阳
第一百四十七条太阳病五六日全转少阳
第一百四十八条太阳病五六日半转少阳
第一百四十九条少阳病下后转结胸
第一百五十条太少并病下后转结胸
第四节误下成痞
第一百五十一条心下痞而按之自濡
第一百五十二条心下痞硬引胁下痛
第一百五十三条心下痞兼表里俱虚
第一百五十四条心下痞而脉关上浮
第一百五十五条心下痞而恶寒汗出
第一百五十六条心下痞兼见口燥烦
第一百五十七条心下痞硬干噫食臭
第一百五十八条心下痞下利数十行
第一百五十九条心下痞硬下利不止
第一百六十条心下痞硬久而成痿
第一百六十一条心下痞硬噫气不除
第一百六十二条汗出而喘桂枝证已入里
第一百六十三条协热而利桂枝证半入里
第一百六十四条心下痞恶寒桂枝证未入里
第一百六十五条发热汗出而伴心中痞硬
第一百六十六条病如桂枝证而胸中痞硬
第一百六十七条藏结死证
第五节太阳入里诸变化
第一百六十八条伤寒大渴转阳明
第一百六十九条伤寒口燥渴转阳明
第一百七十条伤寒渴欲饮水转阳明
第一百七十一条太少并病防成结胸
第一百七十二条表里同病而里热
第一百七十三条表里同病而下寒
第一百七十四条风湿相抟身体疼烦
第一百七十五条风湿相抟骨节疼烦
第一百七十六条伤寒伴里寒
第一百七十七条伤寒伴里虚
第一百七十八条注释结代脉
辨阳明病脉证并治
第一节阳明病总论
第一百七十九条阳明病正名一
第一百八十条阳明病正名二
第一百八十一条太阳转入阳明一
第一百八十二条正阳阳明症状
第一百八十三条正阳阳明解析一
第一百八十四条前正阳阳明解析二
第一百八十四条后太阳转入阳明二
第一百八十五条伤寒转属阳明之症
第一百八十六条伤寒转属阳明之脉
第一百八十七条伤寒里虚转属阳明之征
第一百八十八条伤寒表实转系阳明之征
第一百八十九条阳明病禁忌
第一百九十条阳明病阳气来复与否之因
第一百九十一条阳明病阳气不复之因
第一百九十二条阳明病阳气来复之状
第一百九十三条阳明病欲解时
第一百九十四条阳明病不能食者不可攻
第一百九十五条阳明病脉迟者不可攻
第一百九十六条阳明病反无汗者不可攻
第一百九十七条阳明病苦头痛者不可攻
第一百九十八条阳明病咽不痛者不可攻
第一百九十九条阳明病无汗而转发黄
第二百条阳明病被火而转发黄
第二百零一条阳明病必潮热
第二百零二条阳明病必衄
第二百零三条阳明病必大便硬
第二百零四条阳明病呕多不可攻
第二百零五条阳明病心下硬满不可攻
第二百零六条阳明病面合色赤不可攻
第二节阳明病大便不通证治
第二百零七条心烦者可与调胃承气汤
第二百零八条有潮热者可与大承气汤
第二百零九条大便不硬未可与承气汤
第三节阳明病谵语证治
第二百一十条前谵语正名
第二百一十条后谵语死证之症
第二百一十一条谵语死证之脉
第二百一十二条服大承气汤利者止后服
第二百一十三条服小承气汤谵语止者更莫复服
第二百一十四条服小承气汤不转矢气者勿更与之
第二百一十五条潮热谵语者可下
第二百一十六条下血谵语者可刺
第二百一十七条未过经不可下
第二百一十八条已过经不可汗
第二百一十九条三阳合病未全入阳明
第二百二十条二阳并病已全入阳明
第二百二十一条阳明病下后余热留上焦
第二百二十二条阳明病下后余热转中焦
第二百二十三条阳明病下后余热入下焦
第二百二十四条补注
第四节阳明病能食不能食证治
第二百二十五条胃中寒而下利清谷
第二百二十六条胃中虚冷而不能食
第二百二十七条胃中热而能食
第二百二十八条胃中热而不能食
第五节阳明病邪气转出证治一
第二百二十九条阳明病大便溏邪羁少阳
第二百三十条阳明病不大便邪羁少阳
第二百三十一条阳明病小便难为津液内蓄
第二百三十二条合上条
第二百三十三条阳明病小便利为津液内竭
第二百三十四条阳明病表不解用桂枝汤
第二百三十五条阳明病表不解用麻黄汤
第二百三十六条阳明病热不得越发黄
第二百三十七条阳明病热不得越喜忘
第六节阳明病燥屎证治
第二百三十八条不大便心中懊而烦腹大满为有燥屎
第二百三十九条不大便绕脐痛烦躁发作有时为有燥屎
第二百四十条不大便如疟状日晡所发热为有燥屎
第二百四十一条不大便烦不解腹满痛为有燥屎
第二百四十二条时有微热喘冒不能卧者为有燥屎
第七节阳明病大便硬证治
第二百四十三条大便不硬
第二百四十四条大便必硬
第二百四十五条大便因硬
第二百四十六条浮芤相抟
第二百四十七条浮涩相抟
第二百四十八条发汗后蒸蒸发热者
第二百四十九条吐后腹胀满者
第二百五十条小便数大便硬
第二百五十一条小便利屎定硬
第二百五十二条睛不和者急下之
第二百五十三条发热汗多急下之
第二百五十四条腹满痛者急下之
第二百五十五条腹满不减当下之
第二百五十六条脉滑而数当下之
第八节阳明病邪气转出证治二
第二百五十七条阳明病转瘀血不大便
第二百五十八条阳明病转协热便脓血
第二百五十九条伤寒寒湿发黄
第二百六十条伤寒湿热发黄
第二百六十一条伤寒发热身黄
第二百六十二条伤寒瘀热身黄
辨少阳病脉证并治
第一节少阳病总论
第二百六十三条少阳病正名
第二百六十四条少阳中风不可吐下
第二百六十五条少阳伤寒不可发汗
第二百六十六条太阳转柴胡证尚未吐下
第二百六十七条太阳转柴胡证迭经吐下
第二百六十八条三阳合病转柴胡证
第二百六十九条少阳病三阴已受邪
第二百七十条少阳病三阴不受邪
第二百七十一条少阳病自愈
第二百七十二条少阳病欲解时
辨太阴病脉证并治
第一节太阴病总论
第二百七十三条太阴病正名
第二百七十四条太阴病阳复正常
第二百七十五条太阴病欲解时
第二百七十六条系在太阴脉浮须汗
第二百七十七条系在太阴自利须温
第二百七十八条系在太阴自利阳复
第二百七十九条系在太阴积滞须攻
第二百八十条太阴自利禁忌
辨少阴病脉证并治
第一节少阴病总论
第二百八十一条少阴病正名一
第二百八十二条前少阴病正名二
第二百八十二条后小便自利属少阴
第二百八十三条汗出亡阳属少阴
第二百八十四条少阴病禁火劫
第二百八十五条少阴病禁发汗
第二百八十六条少阴病禁下法
第二百八十七条少阴病手足温下利止为阳复一
第二百八十八条少阴病手足温下利止为阳复二
第二百八十九条少阴病阳复正常三
第二百九十条少阴病阳复正常四
第二百九十一条少阴病欲解时
第二百九十二条少阴病阳复
第二百九十三条少阴病阳复太过便血
第二百九十四条少阴病若强发汗动血
第二百九十五条少阴病利而逆冷者不治
第二百九十六条少阴病吐利而四逆者死
第二百九十七条少阴病时时自冒者死
第二百九十八条少阴病不烦而躁者死
第二百九十九条少阴病息高者死
第三百条少阴病烦躁不得卧寐者死
第二节少阴病证治
第三百零一条少阴病脉沉者两解表里
第三百零二条少阴病无证者两解表里
第三百零三条少阴病清滋上下法
第三百零四条少阴病背恶寒者可温表
第三百零五条少阴病手足寒者可温表
第三百零六条少阴病下利便脓血一
第三百零七条少阴病下利便脓血二
第三百零八条少阴病下利便脓血三
第三百零九条少阴吐利烦躁欲死
第三百一十条少阴咽痛以润
第三百一十一条少阴咽痛以清
第三百一十二条少阴咽痛以敛
第三百一十三条少阴咽痛以散
第三百一十四条少阴下利温通
第三百一十五条少阴下利补液
第三百一十六条少阴下利温渗
第三百一十七条少阴下利通脉
第三百一十八条少阴下利解郁
第三百一十九条少阴下利利小便
第三百二十条口燥咽干者急下
第三百二十一条自利清水者急下
第三百二十二条腹胀不便者急下
第三百二十三条脉沉者宜温
第三百二十四条寒饮者宜温
第三百二十五条利少者宜温
辨厥阴病脉证并治
第一节厥阴病总论
第三百二十六条厥阴病正名
第三百二十七条厥阴病阳复
第三百二十八条厥阴病欲解时
第三百二十九条厥阴病阳复
第三百三十条厥阴病寒厥禁下
第三百三十一条厥阴阳复利止自愈
第三百三十二条厥阴阳复旦日夜半愈
第三百三十三条厥阴病阳气不复
第三百三十四条厥阴病阳复太过一
第三百三十五条厥阴病厥热深微相当
第三百三十六条厥阴病厥热日数相当
第三百三十七条厥证正名
第三百三十八条藏厥正名
第三百三十九条厥阴病阳复太过
第三百四十条厥阴病阳复不及
第三百四十一条厥阴病厥少热多
第三百四十二条厥阴病厥多热少
第三百四十三条厥阴病厥不还者死
第三百四十四条厥阴病躁不得卧者死
第三百四十五条厥阴病厥不止者死
第三百四十六条厥阴病汗出不止者死
第三百四十七条厥阴病厥而下者死
第三百四十八条厥阴病难治
第二节厥证证治
第三百四十九条寒厥可灸
第三百五十条热厥可清
第三百五十一条血虚寒厥可温一
第三百五十二条血虚寒厥可温二
第三百五十三条阳虚寒厥一
第三百五十四条阳虚寒厥二
第三百五十五条邪兼心下满
第三百五十六条厥兼心下悸
第三百五十七条厥兼利不止
第三节下利证治
第三百五十八条虚寒自利一
第三百五十九条虚寒自利二
第三百六十条下利微热而渴愈
第三百六十一条下利微热汗出愈
第三百六十二条下利灸之不温若脉不还反微喘者死
第三百六十三条下利寸脉反浮数尺中自涩者清脓血
第三百六十四条下利清谷禁汗
第三百六十五条下利脉微弱数欲自止
第三百六十六条下利面赤身热汗出解
第三百六十七条下利脉数而渴者自愈
第三百六十八条下利死证一
第三百六十九条下利死证二
第三百七十条下利清谷用温法
第三百七十一条热利下重用清法
第三百七十二条下利先里后表法
第三百七十三条下利用清法
第三百七十四条下利用攻法
第三百七十五条下利用宣法
第四节呕哕证治
第三百七十六条呕者自愈
第三百七十七条呕者难治
第三百七十八条呕者用温法
第三百七十九条呕者用和法
第三百八十条哕者用温法
第三百八十一条哕者用攻法
辨霍乱病脉证并治
第一节霍乱总论
第三百八十二条霍乱纯里证
第三百八十三条霍乱兼表证
第三百八十四条阳复致利止
第二节霍乱证治
第三百八十五条亡血致利止
第三百八十六条吐利时身痛
第三百八十七条吐利止身痛
第三百八十八条吐利汗出小便不利
第三百八十九条吐利汗出小便复利
第三百九十条吐利已断阴竭阳亡
第三百九十一条新差忌强与谷一
辨阴阳易差后劳复病脉证并治
第三百九十二条差后忌房
第三百九十三条差后忌劳
第三百九十四条差后热多
第三百九十五条差后水多
第三百九十六条差后津不化
第三百九十七条差后津不足
第三百九十八条新差忌强与谷二
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