全书分四部分：甲午战争准备即备战、陆战、海战、外交战等。其中陆战部分包括参谋总长发布的第1至第346号作战命令及大本营其他命令、第一军与第二军的作战详报及作战报告与电报等，海战包括大本营命令第1至239号、大海报(海报)、台海报及大本营日记等。编入本书文献的都是日本军部即陆军省、海军省、参谋本部和军令部的原始档案，全部是手写件。日本军部档案，美军占领日本时全部掠回国内，制成缩微胶卷存放在美国国会图书馆历史缩微中心，原件于上个世纪五十年代交还日本，保留在日本防卫厅防卫研究所。本书是“九一八”历史博物馆投入大量人力与财力，历经三年多时间，从日本军部档案中反复遴选的甲午战争机密军事档案编辑而成。《日本军部甲午战争机密档案汇编》拟分集出版，甲午战争130周年前出齐。本书是研究甲午战争历史必备的原始档案史料。