《蒙医临床用药指南》以内蒙古自治区老蒙医专家学术经验继承指导老师巴雅尔专家多年临床经验及继承人临床实际工作经验为基础，包含蒙医九棵树，讲述蒙医基础理论、蒙医用药方法、常用蒙药及方剂、常用采药季节及注意事项、蒙药炮制方法及禁忌、蒙医五行及阴阳学说、蒙医内科及妇科疾病、蒙医临床经验、典型病例、食疗等多方面内容。同时把现代医学辅助检查内容加到蒙医诊断疾病之中，蒙西医有机结合在一起，提高了疾病的诊治效率。