民国是一个政治动荡思想活跃的时代，也是一个人才辈出群星璀璨的时代。民国时期，文人从政成为了中国社会颇为亮丽的一道风景线。民国时期的文人也许是中国历史上最后一批具有士大夫精神的文人，他们承续着几千年来中国文人的思想品质和精神风貌，继承了历代文人以天下为己任的政治道统。当中华民族面临严重的社会危机的关键时刻，他们抱持着“天下兴亡匹夫有责”和“铁肩担道义”的社会责任意识，抱持着“我不入地狱谁入地狱”的精英意识和殉道精神，义无反顾地投身到社会变革之中去。

　李晓雨，河南禹州人，中国人民大学党史系教师，主要从事中共党史、中国近现代史的研究工作。

蔡元培：从北京大学校长到监察院长
张伯苓：从南开校长到考试院院长
谭延闿：从清朝状元到国民政府主席
于右任：从上海大学校长到监察院院长
王宠惠：从民国第一法学家到司法院院长
吴鼎昌：从《大公报》社长到总统府秘书长
邹鲁：从中山大学校长到国民党中常委
张君劢：从北京大学教授到民主社会党主席
叶楚伧：从《民国日报》总编到国民党中央秘书长
顾维钧：从留美博士到国务总理
王云五：从商务印书馆总经理到行政院副院长
翁文灏：从代理清华大学校长到行政院院长
陈布雷：从《商报》主编到蒋介石“文胆”
王世杰：从武汉大学校长到外交部长
胡适：从北京大学教授到驻美大使
曾琦：从青年党党魁到“国大”主席团主席
朱家骅：从北京大学教授到行政院副院长
张道藩：从著名画家到教育部常务次长
陶希圣：从中央大学教授到《中央日报》总主笔
张厉生：从上海大学教授到行政院副院长
张其昀：从地理学家到国民参政会参政员
吴国桢：从留美博士到上海市市长
褚民谊：从医学博士到汪伪外交部长
参考文献
后记

　　蔡元培：从北京大学校长到监察院长
　　蔡元培为清末翰林，后倡言革命，创立光复会。民国初造，他出任教育总长，后因不满袁世凯独裁而离职赴法留学。“二次革命”期间回国协助孙中山，失败后再次赴法国留学。
　　1868年1月11日，蔡元培生于人杰地灵的浙江绍兴。蔡元培乳名阿培，入塾后，取名元培。原字鹤卿，后改字仲申，曾化名蔡振、周子余。创办爱国学社时，自号民友。任《警钟日报》主编时，自谓“吾亦一民耳，何谓民友？”于是取《诗经?大雅》中“周余黎民，靡有孑遗”两句中各一字，改号孑民，以后便一直沿用。
　　蔡元培家世代经商，祖父曾任当铺经理，父亲当过钱庄经理。蔡元培弟兄三人中，属他最聪颖好学，父亲对他着意培养，延聘塾师来家中课读。他11岁时父亲去世，家道中落。母亲周氏，克勤克俭，典卖首饰，抚养稚子成人，并经常以“自立”和“不依赖”勉励他们。父母的言行，对蔡元培的性格有很大影响。他一生勤奋，为人宽厚和不苟取，就是从小在这样的家庭环境的潜移默化下养成的。父亲去世后请不起家庭教师，他便到别处附读。由于家贫不能经常点灯，他便借炉灶火光映照夜读。有一次，他在楼上读书，宅中起火，举家惊慌，疾呼他下楼，他因全神贯注于书本，竟然毫不察觉。
　　5岁时，蔡元培入私塾读书，为了应科举考试，他从12岁开始习作八股文。因他在写文章时常用古书中的通假字换常字，用古书中奇特的句法换常调，被人笑称“怪八股”。17岁时，参加小考，文章“笔轻而灵，意曲而达”，“论尤警当，与众不同，诗亦有动日句”，“简洁名贵，滴滴归原”，考中秀才。蔡元培从此结束了私塾学习生涯，在家乡设馆教书，当起了塾师。两年之后，蔡元培到同乡徐树兰家当陪读，并帮助校勘所刻藏书。四年里，蔡元培翻阅了徐家十余万卷藏书，博览群书，学识大长。
　　1889年秋，蔡元培赴杭州参加乡试，得中举人，同科举人有徐维则、王佐、童学琦、汪大燮、汪康年等。第二年春，蔡元培和徐维则一道北上京城，参加为光绪皇帝亲政所举行的恩科会试。蔡元培榜上有名，在本科录取的327名贡士中名列第80位。会试中被录取贡士后，还需经殿试合格，方可称进士出身。“因殿试朝考的名次均以字为标准，我自量写得不好”，蔡元培未参加本科殿试。三年后，蔡元培补行殿试，被录取为第二甲第34名进士。之后，在朝考中列名第一等，被点为翰林院庶吉士。1894年，蔡元培通过散官考试，升格为翰林院编修。年仅27岁的蔡元培，已是一名才华横溢，“声闻当代，朝野争相结纳”的士大夫了。翰林院编修是个闲职，蔡元培没有多少事可做，每日足不出户，钻研古文诗词，“都无做官意，唯有读书声”。
　　年轻的蔡元培在科举仕途上一帆风顺、平步青云之时，清王朝却由于外国侵略者的一再打击和它自身的腐朽，正处于风雨飘摇、日趋没落中。甲午战败，《中日马关条约》签订，国势衰微，维新运动随之兴起。蔡元培在严重的民族危机面前，幡然觉醒，摆脱仕途，开始涉猎“新学”，思想为之一变，走向革命。戊戌变法失败后，蔡元培“知清廷之不足为，革命之不可已，乃浩然弃官归里，主持教育以启发民智”。1898年9月，蔡元培携眷回到绍兴老家。
　　归乡后，蔡元培先后被聘为绍兴中西学堂监督、嵊县剡山书院院长。这是蔡元培教育救国思想的萌芽，也是他委身教育服务于新式学校的开始。蔡元培热心家乡的教育事业，实地考察之后，写成《浙江筹办学堂节略》，主张在省城杭州设一高等师范学堂、一高等学堂、一中学堂，以及若干小学堂和蒙学堂，在县城各设一小学堂和若干蒙学堂，在各乡设若干蒙学堂。
　　1901年8月，蔡元培应聘为上海南洋公学特班教授。南洋公学是盛宣怀创办的一所训练洋务人才的学校，是今天上海交通大学的前身。特班于1901年增设，是培养高材生的，其章程第一条规定：“特设一班以待成材之有志西学者。”在南洋公学，蔡元培培养的学生中有黄炎培、邵力子、洪允祥、李叔同等40余位名人。
　　在教学的同时，蔡元培开始涉足报界和出版界。10月，他与好友张元济合议创办《开先报》（后改名为《外交报》）。同时，他选录梁启超、严复等名士著译文章42篇，编辑为《文变》一书。蔡元培还兼任商务印书馆编译所所长，负责制定国文、历史、地理三科教科书的编纂体例。
　　1902年4月，蔡元培和叶瀚、蒋观云等上海教育界人士发起成立了中国教育会，蔡为会长。中国教育会以教育中国男女青年，开发其智识，而增进其国家观念，以为他日恢复国权之基础为目的，“表面办理教育，暗中鼓吹革命”，是20世纪初年国内最早的革命团体。教育会成立不久，即创办了一所爱国女校。随后为了接纳南洋公学学潮中的退学学生，蔡元培又创办了爱国学社，并被推选为学社总理。
　　爱国女校和爱国学社以倡言革命为己任，是革命党人活动的重要场所。蔡元培还和吴稚晖、章太炎等在《苏报》上连续发表鼓吹反清革命的评论文章，“崇论横议，震撼一世”。
　　1903年4月，拒俄运动兴起，中国教育会与东京留日学界紧密呼应，在上海开展了拒法、拒俄运动，蔡元培是这一运动的主要领导者之一。他还创办了刊物《俄事警闻》（后改为《警钟日报》），专门登载俄兵侵犯满洲的消息，并抨击清政府外交的失败，以通过反帝爱国的宣传，激发人们的反清革命意志。
　　中国教育会在张园举行演说会，1200多人参加了集会。蔡元培首先作了慷慨激昂的演讲，接着宣读东京留日学生的来电，当他读到“俄祸日急，留日学生已电北洋主战，结义勇队赴敌，望协助”时，全体与会者列队向东行一鞠躬，以表示对留日学生的支持和敬意。上海《字林西报》对此称赞说：“夫中国立国以来二千余年，其人民有爱国心者，自此次会议开始。”会后，蔡元培以爱国学社学生为基础组成义勇队，进行军事训练。他本人也剪短头发，身穿制服，与师生同受军训。
　　张园集会引起清政府的嫉恨，要求江苏巡抚“即将为首之人密拿严办”。蔡元培身处险境，临危不惧，仍热心爱国学社工作。这时，爱国学社学生发生内讧，蔡元培痛心疾首，愤然辞职离开上海前往青岛。十余天后，《苏报》案发，章太炎、邹容被捕入狱，蔡元培因远在青岛而幸免。
　　蔡元培认为革命只有两途，一是暴动，一是暗杀。受俄国民粹派的影响，他思想上倾向于暗杀。《苏报》案风波过后，蔡元培回到上海，继续从事革命活动，并加入暗杀团。当时，因武装起义计划泄露，黄兴等华兴会会员避难上海。蔡元培参与了华兴会在上海的活动，深受启发，决定仿照华兴会成立光复会。蔡元培和狱中的章太炎详细筹划，经各方努力，光复会很快成立，蔡元培被推为会长。光复会以“光复汉族，还我山河，以身许国，功成身退”为宗旨。光复会发展很快，徐锡麟、陶成章、柳亚子、黄炎培、刘师培、秋瑾、孙毓筠等都是光复会会员。蔡元培逐渐成为东南地区革命活动的核心人物。同盟会成立后，光复会纳入同盟会的领导之下，蔡元培任同盟会上海分会会长。
　　1906年夏，清政府拟派翰林院编检出国。蔡元培一直希望能到欧洲国家学习，得此消息，便将同盟会上海分会会长一职委托黄炎培代理，于8月底只身一人来到北京等候派遣。就在蔡元培准备赴欧之际，清廷却因经费短缺，决定改派日本。蔡元培不愿去日本，决意赴德游学，只好暂时留京，从长计议。天赐良机，次年春，蔡元培故交孙宝瑄之兄孙宝琦出任驻德公使，孙宝琦答应接纳他为驻德公使职员，并允以每月资助学费30两。7月初，蔡元培随孙宝琦一行来到柏林，半工半读由此开始了他为期四年多的留学生活。
　　蔡元培在柏林生活一年之后，迁居莱比锡，进入莱比锡大学主修哲学。蔡元培在异国他乡如饥似渴地学习新知识，从哲学到文学，从心理学到美学，从民族学到比较文明史，从美术史到自然科学发展史，几乎涵盖了所有的人文学科。1909年，蔡元培破例进入莱比锡大学文明史和世界史研究所学习。
　　留学期间，蔡元培依据西洋学术史的原则，在日本学者研究东洋伦理学史的基础上，系统整理了我国传统的伦理学说，写成《中国伦理学史》。全书将中国伦理学史的发展分为“先秦创始时代”、“汉唐继承时代”和“宋明理学时代”。蔡元培认为，我国四千年来的伦理学说，先秦最盛，伦理学说是儒、道、农、墨、法、名各家的重要组成部分。汉代以后，儒、道、释三教并存，儒教始终是伦理学的正宗。自汉而唐，伦理学方面成一家之言者屈指可数。宋、明两代，朱熹、陆九渊两派一直是伦理学的主流。此外，蔡元培还翻译了康德派哲学家包尔生的著作《伦理学原理》。该书由商务印书馆出版后，引起国内学者的关注，被一些学校采用为伦理学教科书。
　　蔡元培在研究伦理学的同时，对国学中素不重视的“美学”也产生了极大兴趣。“美育者，孑民在德国受有极深之印象，而愿出全力以提倡之者也”。“美育”一词，即是蔡元培从德文Asthetische Erziehung译得。蔡元培毕生都不遗余力地提倡美育，强调美育是养成健全人格所不可缺少的因素。“中国之有美学，实以蔡元培先生提倡为最早”，“以美育代宗教”是蔡元培美育思想中的一个重要理论。
　　辛亥革命爆发后，蔡元培于1911年12月结束其在德国的工读生活回到上海。中华民国临时政府成立后，蔡元培出任教育总长。民国初建，百废待兴。1912年初，蔡元培主持教育部先后颁布了《普通教育暂行办法》、《普通教育暂行课程标准》、《民国教育部官职令》以及一些教育法令，改革清末旧学制，以确保近代教育思想和方针的实施，其主要内容有：小学废止读经；废禁清廷颁布的教科书，各科教科书必须符合共和国国民宗旨；称呼上改学堂为学校；初等小学男女不分校；废止奖励出身的旧制等。蔡元培极为提倡社会教育，致力于普及教育、有教无类，他在教育部内设有社会教育司，由教育部通令各省推行社会教育，使社会教育首次在教育行政上获得了独立地位。
　　南北议和告成，蔡元培受命率领迎袁专使团，北上迎袁南下就任民国临时大总统。袁世凯不肯南下，大耍两面派伎俩，使得蔡元培对其一手导演的京、津、保地区“兵变”信以为真，最终袁世凯在北京宣布就职。袁世凯上台后，蔡元培在唐绍仪内阁中继续担任教育总长。
　　1912年2月，蔡元培就任教育总长期间写过《对于新教育之意见》一文，提出军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育及美感教育五项为今后的教育方针。该文否定了前清教育宗旨中“忠君”、“尊孔”最重要的两条，指出“忠君与共和政体不合，尊孔与信教自由相违”，从而打破了两千年来中国传统的封建教育两条不可动摇的信条。除了“破”的功劳外，该文还有“立”的意义，蔡元培首倡德、智、体、美四育，从而为民主共和教育奠定了第一块基石。《对于新教育之意见》一文实际上承担了中国新兴资产阶级在教育方面的纲领性作用，体现出辛亥革命的伟大成果和民主共和精神。该文不仅具有反封建的进步意义，对民国以后教育的影响也很大。
　　针对传统封建专制影响下的一些军政人员私德不够、缺乏民主共和思想素养的社会现象，蔡元培等在上海发起成立“进德会”。随后他又和宋教仁等发起组织“社会改良会”，阐明宗旨在以人道主义及科学知识为标准而定改良社会之条件，列举改革社会上种种恶习，提出不狎妓、不置婢妾、不赌博、破除迷信、为官不受馈赠等共36条，以图通过这一组织的提倡，为新的民主共和社会树立新风。
　　在蔡元培及同仁的竭诚努力下，全国临时教育会议于1912年7月10日在北京正式开幕。这次会议历时一个月，通过了23项提案，在我国近代教育史上具有划时代的意义。它开创了中国近代教育的先河，新的教育制度在我国以法律的形式开始确定下来，奠定了中国近代教育体制的基础，是对清朝教育制度的一次彻底否定。
　　因不满袁氏独裁专政，蔡元培在全国临时教育会议期间，辞去教育总长职务。蔡元培卸职后，携眷赴莱比锡大学文明史和世界史研究所从事研究工作。宋教仁案发生后，蔡元培接到孙中山的电召，邀他回国共商讨袁对策，便迅速返国参加二次革命。蔡元培虽然主张反袁，但在方法上却不赞成孙中山提出的武力讨袁之法，而想通过和平调解来解决南北方的冲突。后调停不成，他又写了一系列文章抨击袁世凯专制。二次革命失败后，蔡元培无法继续留在国内，只好游学法国。前后两次西方留学的经历使得他主张向西方学习，反对闭关自守。
　　旅法期间，蔡元培学习之余，协助李石曾、汪精卫、吴稚晖和吴玉章等人办理留法俭学会，帮助留法青年。1916年3月，中法两国合办的华法教育会在巴黎成立，蔡元培任中方会长，并在该会开办的华工学校亲自授课，并前后为华工学校编了德育、智育讲义40篇左右，讲义内容多含哲理和积极的辩证法因素，具有启迪民智的作用。
　　蔡元培是旅法学界的一面旗帜，华法教育会的创立既为中国有志青年提供了留法勤工俭学的机会，更促进了法国文化科学在中国的传播。留法勤工俭学，在中国近代教育史和留学史上是前无古人后无来者的创举，也是国人向西方学习的十分有益的新形式。这种形式在五四前后获得了较大发展，为国内许多无力出国求学的青年提供了半工半读留学法国的机会，也促成了中西文化的进一步碰撞与交融。
　　1916年，蔡元培任北京大学校长，倡导“思想自由，兼容并包”的办学方针，进行了大刀阔斧的改革。他广揽人才，设立了研究所，开近代中国大学之先河，使北京大学成为中国的名校。
　　1916年9月初，蔡元培收到教育部总长范源濂来电，电云：“国事渐平，教育宜急。现在首都最高学府，尤赖大贤主宰，师表群伦。海内人士，咸深景仰，用特专电敦请我公担北京大学校长一席，务祈鉴允，早日归国，以慰瞻望。启行在即，先祈电告。”蔡元培接电报后，心情难以平静，当即决定归国就职。
　　12月26日，北洋政府正式任命蔡元培为北京大学校长。1917年元月，北大举行开学典礼，蔡元培发表著名的《就任北京大学校长之演说》。北京大学的前身是京师大学堂，这个全国最高学府的官僚腐败习气是出了名的，蔡元培在开学典礼上与北大学生约法三章：一是抱定宗旨，二是砥砺德行，三是敬爱师友。他教导北大学子，要“以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯”，“抱定宗旨”是要“为求学而来”，“宗旨既定，自趋正轨”。蔡元培的到来，给暮气沉沉的北京大学带来新的气息。
　　当时，北京大学“像个衙门，没有多少学术气氛。有的教师不学无术，一心只想当官；有的教师本身就是北洋政府的官僚，学问不大，架子不小；有的教师死守本分，不允许有新思想”。学生则大多是官僚和富人子弟。蔡元培根据多年办学经验，认为“大约大学之所以不满人意者，一在学课之凌杂，二在风纪之败坏。救第一弊，在延聘纯粹之学问家，一面教授，一面与学生共同研究，以改造大学为纯粹研究学问之机关。救第二弊，在延聘学生之模范人物，以整饬学风”。上任伊始，蔡元培开始了大刀阔斧的改革。
　　蔡元培破“年龄”和“资格”限制，广揽人才。文科方面，聘请陈独秀为文科学长，钱玄同为教授兼国文门研究所教员，刘半农为预科国文教授兼国文门研究所教员，周作人为教授兼国史编纂处编纂员，胡适为文科教授兼哲学研究所主任，李大钊为图书馆主任，兼任经济、史学等系的教授。他力排众议，聘请梁漱溟到北大讲授印度哲学。理科方面，蔡元培聘用国内第一个介绍爱因斯坦相对论的物理学家夏元瑮为理科学长，另陆续聘请李四光、丁文江、朱家骅等知名学者任教。法科方面，蔡元培留任司法部的王宠惠和罗文干为讲师，解聘了不称职的教员，并规定专任教员不得在他校兼课，政府官员不得为专任教员。北京大学名家云集，可谓群星闪烁。
　　北洋政府任命书
　　在“兼容并包”、“思想自由”八字方针指导下，蔡元培极力打造北大为“囊括大典，网罗众家”的学府，使各派思想并存北大，百家争鸣，争奇斗妍，讨论、研究之风盛极一时。他认为墨守成规，守一家之言，思想一元独裁，是不可能使学术得到真正发展的。他还认为学术上派别林立是相对的，各学科教员即使主张不同，只要言之成理，持之有故，就应该并存，让学生在思想的百家争鸣中自由选择。正是在蔡元培的鼓励下，在北大“为学问而学问的精神蓬勃一时。保守派、维新派和激进派都同样有机会争一日之短长。背后托着长辫，心理眷恋帝制的老先生与思想激进的新人物并坐讨论，同席笑谑。教室里、座谈会上、社交场合里，到处讨论着知识、文化、家庭、社会关系和政治制度等等问题。这情形很像中国先秦时代，或者古希腊苏格拉底和亚里斯多德时代的重演”。此外，蔡元培热心延请中外著名学者来校讲演。梁启超、章太炎、杜威、罗素、泰戈尔等都曾到北大讲演，北大成为名副其实的全国最高学府。随着陈独秀、胡适、鲁迅等新文化运动的猛将的到来，北大成为新文化运动的主要阵地。特别值得一提的是，北大教员中除了提倡新文化运动的进步人士，还有许多思想保守却学术造诣颇深的著名学者，比如辜鸿铭、刘师培、黄侃、崔适等。
　　在蔡元培力倡下，1917年底，北大文、理、法三科各学门先后分别成立了研究所。文科研究所分哲学门、国文门和英文门，由胡适、沈尹默、黄振声任主任；理科研究所分数学门、物理门和化学门，由秦汾、张大椿、俞同奎任主任；法科研究所由法律门、政治门、经济门组成，依次由黄右昌、陈启修、马寅初负责。后来于1919年12月又增设地质学研究所，何杰任主任。北大研究所的创立，开国内大学设立研究所之先河，具有开创性意义。
　　蔡元培积极引导北大学生创造进取活泼的精神生活，支持全校师生创办刊物，组织各类学术研究团体。一时之间，各类团体如雨后春笋般出现在北大校园，“学生们打麻将、吃花酒的越来越少，研究学问和关心国家前途命运的越来越多”。到1919年初，北大已有各种团体20多个，打破了改革前沉闷、颓废、腐朽的局面，学术讨论和思想争辩蔚为风气，学校出现了生机勃勃的景象。
　　在管理方面，蔡元培仿效德国大学制度，改校长大权独揽为民主办校，设立评议会，实行教授治校。评议会是全校的最高立法机构和权力机构，评议员除校长外，包括各科学长和主任教员，各本科、预科教授二人，由教授自行互选，任期一年。1919年后，评议员的产生按名额分配，每5名教授选举产生1名评议员。
　　为扩大教授治校的范围，1917年12月，蔡元培主持召开评议会会议，决定设立各学科教授会，教授会会员由各科的教授和讲师组成，教授会主任由会员选举产生，任期两年。1919年，采用分系制后，改由各系成立教授会，各系主任由教授会投票选举。由此加强了各学科专家学者的责任心，调动了他们的积极性，提高了行政效率和教学质量，从而促进了学校的蓬勃发展。
　　1919年4月，各科教授主任组成全校统一的教务处，负责领导全校的教学工作，文、理、法各科学长制从此废止。教务处设教务长，教务长从各系教授会主任中推选，任期一年。9月，设立行政会议，作为全校最高行政机构和执行机关，负责实施评议会的各项决议。蔡元培建立的这套“教授治校”领导体制，最大限度地排除了外界对教学工作的影响，保证了正常的教学工作。
　　蔡元培坚持平民教育、择优录取的招生原则，使许多出身贫寒、学业优秀的青年学子进入了北京大学。蔡元培还主张开门办学，学校的学术活动和课堂的教学活动，都可以向社会公开，每年招收一定数量的旁听生、选科生。蔡元培打破陈规，正式招收女生入学，开我国大学男女同校之先河。
　　在学制和体制方面，蔡元培也进行了大刀阔斧的改革。在学制改革方面，首先，扩大了文理两科，增设史学门和地质学门；法科独立，商科则并入法科；工科与北洋大学合并，预科改属本科。其次，撤销文理科界限，将各科所属的专业一律改称为系，学长制也因此废除。另外，改年级制为选科制。大学本科应学满80学分，必修、选修各占一半，可提前修满毕业。
　　五四运动爆发后，蔡元培支持学生运动，甚至以辞职相抗，从而有了北大师生的“挽蔡护校”运动，并最终取得了胜利。后来，他又先后参与发起“好人政府”、“联省自治”运动，均无果而终。
　　1919年5月1日，巴黎和会上中国外交失败的消息传到北京，人们震惊不已，尤其是思想敏锐、血气方刚的青年学生更情绪激昂。1919年5月4日，北大学生领头，各校学生3000余人齐集天安门开大会并列队游行，赵家楼被烧，章宗祥被打，五四运动爆发，当局当场逮捕学生32人，其中北大学生20人。当日，教育部发出训令给蔡元培等，训令说：“本部为维持秩序，严整学风起见，用特切实通令各校对于学生当严尽管理之责，其有不遵约束者，应立即予开除，不得姑宽。以敦士习，而重校规。”次日晨，又明令各校校长将为首滋事学生一律开除。蔡元培对于学生的爱国行动是支持的，他拒绝听从教育部的命令召回集会学生，回答说：“学生爱国运动，我不忍制止。”
　　5月5日下午2时，北京市14校校长在北大开会，成立了以蔡元培为首的校长团。蔡元培为营救被捕学生日夜奔忙，经多方周旋，北洋政府于5月7日释放了被捕学生。蔡元培因支持学生的爱国运动，得罪当局，北洋政府遂决定由马其昶接替蔡元培。蔡元培以辞职相抗，于5月8日晚间递送了辞呈。9日晨，便悄然离京南下。北大师生得知蔡元培辞职的消息后，召开全体教职员会议，决定推举8人赴教育部请总长设法挽留蔡校长。
　　10日下午1时，北大代表马叙伦、马寅初、李大钊等赴教育部谒见教育总长傅增湘，表示：“如不能挽回蔡校长，亦决定一致总辞职。”这时，北京各国立专门学校校长也纷纷递上辞呈，声援北大师生的“挽蔡”行动。当日下午5时半，北京12所大学的校长在北大集会，认为“蔡之能挽回与否，非一校长之去留问题，与教育及外交前途，均有关系”。与此同时，北京中等以上学生联合会也呈文教育部，力请挽留蔡元培校长。全国各界纷纷函电教育部支持“挽蔡”运动，相持数十日之久。徐世昌被迫于5月14日以总统名义签发了留蔡指令：“该校长殚心教育，任职有年。值兹整饬学风，妥筹善后，该校长职责所在，亟待认真擘理，挽济艰难。所请解职之处，着毋庸议。”9月，新学期开始，蔡元培返京回校。北大师生的“挽蔡护校”取得了最后胜利。
　　五四运动后，北京教育界掀起教育独立运动，反对军阀官僚政客对教育的摧残。蔡元培从欧洲考察回国后，撰文《教育独立议》，声援教育独立运动。蔡元培在文章中指出，“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别器具，给抱有他种目的的人去应用的。所以，教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”
　　1922年5月14日，由胡适起草，蔡元培领衔，王宠惠、罗文干、汤尔和、陶行知等16人签名的《我们的政治主张》发表，提出“好人政府”的口号。蔡元培、胡适等人希望在吴佩孚的统治下，实现南北统一。吴佩孚掌权后，军阀本性毕现，“好人内阁”仅维持了两个月就垮台了。
　　“好人内阁”破产后，张绍曾组阁，彭允彝就任教育总长。彭允彝“欲见好于一般政客”，“即于同日为干涉司法独立与蹂躏人权之提议，且已正式通过国务会议”，使前财政总长罗文干以受贿罪再次被捕入狱。罗文干是北大兼职教员，蔡元培相信他不会贪污受贿。“元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安；尤不忍于此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责。唯有奉身而远，以谢教育界及国人。谨此呈请辞职，迅予派人接替，立卸仔肩。”1923年1月17日，蔡元培愤然离京南下，蒋梦麟代行校长职务。
　　7月，蔡元培从上海乘轮船赴欧洲。蔡元培到法国后，一面从事著译，一面协助李石曾办理华法教育会及里昂中法大学的事务。1924年11月，蔡元培入德国汉堡大学，进行有关民族学的研究工作。在国民党一大上，蔡元培被列为候补中央监察委员，以后国民党各次全国代表大会，他均被选为中央监察委员。
　　1926年2月，应北洋政府教育部电请，蔡元培回国，他不愿继续担任北大校长，因而定居上海。“三一八”惨案发生后，蔡元培更加不愿北上，“今之北京状况，可以说是较彭允彝时代又降下几度”，于是他致电教育部，请辞北大校长之职。
　　北大教职员闻讯，致书蔡元培，称：“本校为先生及同事数十百人十年来惨淡经营之学校，……实已具有相当之规模。近数月来，校中同人，不避艰苦与危险，继续在此间奋斗，亦无非欲继先生之志，为国家成就一个真正讲学机关。倘斯校境因官僚之压迫摧残而遭横死，先生对于学校、对于在此间继续奋斗之同人，其感痛为何如！倘先生之坚决言去，实速其死，先生之感痛更将何如！”情真意切，蔡元培只得暂不提辞职之事，并对北大评议会表示，他“将来必到校一次”。直到1927年张作霖执掌北京政府，将北大和其他几所国立学校合并成“京师大学校”后，蔡元培的校长名义才正式取消。
　　北伐开始后，蔡元培、褚辅成、沈钧儒、许世英、黄炎培等于11月初发起组织苏浙皖三省联合会，主张“联省自治”。不久浙江宣布自治，蔡元培被选为省务委员。此时，孙传芳主力虽在江西被消灭，但他仍控制着浙江一带。12月23日，孙传芳明令取缔苏浙皖三省联合，并通缉蔡元培、褚辅成、许世英等70余人，蔡元培被迫避居象山，后辗转于南方各省宣传革命。
　　大革命后期，蔡元培追随蒋介石清党反共，后成为国民政府的首任监察院长。后来，他专心学术，主持中央研究院。“九一八”事变后，他倡导民主自由，并任中国民权保障同盟副主席，营救革命志士。
　　随着北伐战争的节节胜利，蒋介石的个人野心日益膨胀，反共独裁倾向日趋明显。1927年3月16日，蒋介石来到上海，联络各方，谋划反共分共运动。蔡元培应蒋介石之邀，于两日前抵达上海，频频参加各种会议，成了当时炙手可热的政治人物。
　　3月28日，蔡元培、吴稚晖、李石曾、古应芬等召开国民党中央监察委员会常务会议，蔡元培任会议主席。吴稚晖秉蒋介石旨意，提议对共产党进行弹劾。蔡元培表示同意，主张“取消共产党人在国民党党籍”，吴稚晖的反共提案获得通过，将即将掀起的反共恶浪美其名曰“护党救国运动”。
　　4月2日，蔡元培、吴稚晖、李石曾、张静江、古应芬、陈果夫、李宗仁、黄绍竑等8人，召开所谓中央监察委员会全体会议（全体监察委员共计20人，仅到8人，未过半数），蔡元培任主席。会议通过了吴稚晖提出的弹劾共产党的文告，要求国民党中央执行委员会采取紧急措施，逮捕共产党员。这次会议为蒋介石发动反革命政变提供了法律根据和舆论准备。
　　4月3日至5日，蒋介石、蔡元培、张静江、吴稚晖、李石曾、汪精卫在上海连续举行秘密会议，策划反共清党。
　　4月8日，吴稚晖、何应钦等组织的上海临时政治委员会举行第一次委员会议，蔡元培为委员之一。该会规定：“得以会议方式决定上海市一切军事、政治、财政之权，并指导当地党务”，从而篡夺了中国共产党领导上海工人三次武装起义胜利后建立起来的上海市人民政权。
　　4月9日，蔡元培、吴稚晖、李石曾等8人以国民党中央监察委员名义联合发表了“护党救国”通电，公开为蒋介石的“清党”活动张目。
　　4月12日，开始反革命大屠杀，上海市血流成河。
　　4月15日，国民党二届四中全会在南京召开。当时，国民党执监委共有50余人，而在南京的中央委员仅有蒋介石、蔡元培、张静江、吴稚晖和李石曾等十余人。由于不够法定开会人数，会议遂改名为谈话会。此次会议否认了武汉国民党中央党部和武汉国民政府的合法性，决定在南京重建国民政府。
　　4月18日，南京国民政府举行成立典礼。蔡元培代表国民党中央党部授印，并发表演说，指责武汉国民政府是“受共产党妨害”和俄国人操纵的“破坏政府”，要消灭这个政府。不久，蔡元培被任命为南京国民政府首任监察院院长。
　　这一时期，是蔡元培从政生涯的高峰，同时也是其政治生命中较为晦暗的时期。
　　书生从政，本色不改。“清党”运动后，蔡元培专心教育事业。4月20日，蔡元培被任命为教育行政委员会委员，与李石曾、汪精卫一起组成教育行政委员会。
　　在蔡元培、李石曾等人提议下，南京政府改教育部为大学院，并任命蔡元培为大学院院长。大学院是当时最高学术教育机关，管理全国学术及教育行政事宜。蔡元培上任后，采取了一系列改革措施。1928年2月21日，蔡元培颁布大学院通令，废除全国春秋祀孔典礼。蔡元培将北京政府时代分属于各部院机关的中央教育学术机关并归大学院主管，在我国教育史上第一次将各教育学术机关统一起来。蔡元培的教育改革设想很快遇到阻力，8月14日，南京政府在行政院下设立教育部，实际上取消了大学院。
　　与大学院制相配套的是大学区制。蔡元培提议国民政府仿行法国实行大学区制，但这项提议从一开始就遭到责难。1928年6月，张作霖退出北京，国立京师大学校随之解散，大学院通过了设立北京大学区案。不料北平各校均反对大学区组织，北京大学学生最激烈，多次举行示威游行，反对大学区制。最后，国民政府做出让步，北京大学胜利复校，至此大学区制无法实行下去。
　　大学院和大学区制的失败，使蔡元培倍感失望，他决定辞去国民党中央政治会议委员、国民政府委员、大学院院长及兼代司法部长等本兼各职。国民政府极力挽留，并先后派宋子文、孔祥熙等政要“躬亲敦促”。直到蔡元培第四次递送辞呈，才照准。蔡元培逐渐远离政治，“愿以余生，专研学术”，专心致力于中央研究院的工作。
　　中央研究院于1928年6月9日在上海正式成立，蔡元培任院长。中央研究院“就名义而言，既为全国最高学术研究机关，就职责言，又兼学术之研究、发表奖励诸务，实综合先进国之中央研究院、国家学会及全国研究会议各种意义而成”。中央研究院的成立标志着旧中国科研学术的新发展，极大地促进了国内外的学术交流。蔡元培虽是研究院的“一把手”，但他坚持无为而治的思想，倾听学者意见，从不干涉他们的研究工作。同时，蔡元培尽职尽责，利用自己的地位和声望，为研究工作排忧解难。
　　当时，英、法、德、美、日等国家的学者，打着“学术科研”的幌子，来华进行文化侵略。为此，中央研究院规定：外国学者来华考察，不得从事与学术无关的活动，所采集的标本须留复本一份于中国，若无复本，则应将正本留归中国。在考察过程中，中央研究院要派员参加。这样一来，既可以与国外学者进行合作，又可以达到维护文化主权的目的。
　　“在他（蔡元培）的惨淡经营下，中研院才能萌芽、茁壮，才能开出美丽的学术之花。在民国十八年（即1929年），中央研究院已有物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史、语言、心理、社会科学等研究所，网罗全国最优异的研究人才，又有自然博物馆，在学术领域中，分别居于领导的地位。这些成绩，都是元培先生创造出来的。”中央研究院的成绩得到外国同行的认可。1932年，法兰西学院赠与中央研究院白里安奖金；1934年7月，波斯的亚细亚学院将中央研究院列为名誉会员。
　　“九一八”事变后，蔡元培认为在此国难之际，保障民权尤为必要，只有民权得到保障，全国上下才能精诚团结，共赴国难。为此他与宋庆龄、邓演达等发起成立了中国民权保障同盟，并任同盟副主席。蔡元培在同盟成立大会上指出：
　　本同盟之目的：（一）为国内政治犯之释放与非法的拘禁、酷刑及杀戮之废除而奋斗。本同盟愿首先致力于大多数无名与不为社会注意之狱囚；（二）予国内政治犯以法律及其他之援助，并调查监狱状况，刊布关于国内压迫民权之事实，以唤起社会之公意；（三）协助为结社集会自由、言论自由、出版自由诸民权努力之一切奋斗。
　　同盟成立后，蔡元培、宋庆龄等人四处奔走，先后营救过牛兰夫妇、陈独秀、许德珩、廖承志、罗登贤、余文化、丁玲、潘梓年等人，保护了许多政治犯。
　　中国民权保障同盟在北平设立分会，扩大其影响力。国民党当局不能容忍同盟的活动，急欲除之而后快，但鉴于蔡元培、宋庆龄的特殊身份，不敢打他们的主意，便向同盟的第三号人物杨杏佛下了毒手。杨杏佛遇害后，中国民权保障同盟的活动被迫停止，不久该组织无形消散。蔡元培没有因此而停止争取民权的斗争，仍然尽己所能保护革命志士。
　　鲁迅逝世后，蔡元培顶住压力，亲自主祭鲁迅葬礼，号召人们“要踏着前驱的血迹，建造历史的塔尖”，“使鲁迅先生的精神永远不死”。1938年，《鲁迅全集》出版时，蔡元培作序，盛赞鲁迅：“先生阅世既深，有种种不忍见不忍闻的事实，而自己又有一种理想的世界，蓄积既久，非一吐不快”。“他的感想之丰富，观察之深刻，意境之隽永，字句之正确，他人所苦思力索而不易得当的，他就很自然的写出来，这是何等天才！又是何等学力！”其著述“蹊径独辟，为后学开示无数法门，所以鄙人敢以新文学开山目之”。
　　日军入侵上海，蔡元培举家逃亡香港，虽年老体衰，他却念念不忘祖国抗日大业，任国际反侵略大会中国分会名誉主席，一首《满江红》，砥砺士气。1940年3月5日，病逝于香港，极具哀荣。
　　1936年，蔡元培已是古稀老人。一年前，他辞去一切兼职，极少参加社交活动，在家颐养天年。这年，蔡元培的朋友、学生以各种形式庆贺他的七十寿辰。蒋梦麟、胡适等人发起为其筹资建屋的活动，后因日军入侵未果。
　　1月11日，中央研究院举行庆典，祝贺蔡元培七十寿辰。1月19日，中国科学社上海社友在静安寺路万国总会举行酒会，为蔡元培贺寿。2月1日晚，旅沪北京大学同学50多人在沧州饭店为蔡元培庆祝七十大寿，并敬送寿屏。2月9日晚，黄炎培、何应钦、张学良、顾维钧、杜月笙、沈钧儒、柳亚子等170多人与中华职业教育社、鸿英教育基金董事会、东方文化协会、上海美专校董会等6个团体在国际饭店为蔡元培祝寿，孙科致祝词。2月16日，南京北京大学同学会在中央饭店举行春季聚餐会，庆祝蔡元培七十寿辰。2月23日，上海学术界胡朴安、舒新城等发起征集学者文人撰写论文、诗词及绘画，汇刊庆祝蔡元培七十岁、柳亚子五十岁的《蔡柳二先生寿辰纪念集》一册。4月23日，国立音乐专科学校师生举行演奏会，庆祝蔡元培七十诞辰。这次演奏会实况由上海广播电台经南京中央广播电台转播全国。
　　蔡元培风风光光地过完了七十寿辰。但毕竟岁月不饶人，年老体弱的蔡元培，生日之后不久，就大病一场，幸而及时抢救，才转危为安。
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