初中生李波特发现同班同学雷一鸣的学习成绩突飞猛进，盘问之下得知，他是吃了“蛋中蛋”才变成这样。为了保持成绩，雷一鸣潜入养鸡场去寻找蛋中蛋，却发现珍贵的蛋中蛋被人偷走了。通过跟踪，两人发现最后一颗蛋中蛋已被研究所所长林濑孵化成小鸡，而且有人企图借助超级进化的小鸡实施军事阴谋！为了保护小鸡，临死前的林濑告知了李波特蛋中蛋的秘密，叮瞩他带着小鸡远走离飞……